No mosteiro, Lutero vivia em angústias e desespero por dúvidas que tinha sobre seus méritos espirituais. Quanto mais refletia, tanto mais crescia sua falta de atenção dúvidas e incertezas. Não possuía, por isso, paz de alma e via Deus como um severo juiz pronto a castigar os pecadores.
Lutero tornou-se Doutor em Teologia e passou a lecionar na Universidade de Wittenberg. Sendo um dos privilegiados a ter acesso a uma Bíblia, Lutero desenvolveu nova visão teológica lendo as palavras de Romanos 1.17: "O justo viverá por fé". Segundo sua interpretação, dizia que o perdão e a vida eterna não são conquistados por nós mediante boas obras Efésios 2.8 e 9, mas nos são dados gratuitamente por meio da fé em Jesus Cristo.
Em 1517, na Alemanha, o professor e monge Martinho Lutero fixou à porta da Catedral de Wittenberg 95 teses criticando a atuação do Papa e do alto clero. Elas se propagaram rapidamente, mesmo com a intervenção da Igreja. Lutero foi apoiado por parte da população e pela nobreza que, desejosa de conquistar novas terras sob domínio de Roma (na região da atual Alemanha), o protegeram da perseguição do papa, poupando-o da fogueira, mas não da excomunhão.
Alguns exemplos dessas teses:
"Tese 27: Pregam a doutrina humana os que dizem que, tão logo seja ouvido o tilintar da moeda lançada na caixa, a alma sairá voando."
"Tese 32: Serão condenados em eternidade, juntamente com seus mestres, aqueles que se julgam seguros de sua salvação através de cartas de indulgência."
"Tese 86: Por que o papa, cuja fortuna é hoje maior que a dos mais ricos crassos, não constrói com seu próprio dinheiro ao menos a Basílica de São Pedro, em vez de fazê-lo com o dinheiro dos pobres fiéis?"
Lutero, então, passou a participar de vários debates teológicos com autoridades civis e eclesiásticas que tentavam fazê-lo abrir mão de suas idéias e retratar-se de críticas à Igreja e ao Papa. Em 1520, Lutero foi excomungado pelo Papa e, no mesmo ano, queimou a Bula de Excomunhão em praça pública, rompendo assim com a Igreja Católica da época. Em 1530, surgiu a Confissão de Augsburgo que foi escrita por Lutero e Melanchthon, um fiel companheiro seu. Este documento trazia um resumo dos ensinos luteranos.
Uma das principais preocupações de Lutero era que todas as pessoas pudessem ler o livro no qual os ensinamentos católicos estariam escritos e assim poderem tirar suas próprias conclusões. Por isto Lutero traduziu a Bíblia para o alemão para que todos pudessem lê-la em sua própria língua. Alguns anos mais tarde, a bíblia foi traduzida para o inglês, francês e espanhol as pessoas passaram a ler a Bíblia e terem suas próprias conclusões. Aos poucos a Igreja Católica foi perdendo poder e influência. Depois de Lutero, a Igreja Católica nunca mais conseguiu exercer o forte domínio sobre a Europa como tinha antes da Reforma Protestante.
